La missione della struttura è informare e sensibilizzare il pubblico alla conservazione, la gestione e l’uso sostenibile degli ambienti acquatici per promuovere comportamenti positivi e responsabili.
Tale impegno è stato sancito dall’importante riconoscimento di “Istituto Scientifico” rilasciato nel 2012 alla struttura dal Ministero delle Politiche agricole, alimentari e forestali.
L'Acquario di Livorno è Punto Informativo dell'Osservatorio Toscano per la Biodiversità, e Centro Recupero e Riabilitazione per tartarughe marine.