L'Aula Didattica viene utilizzata durante lo svolgimento dei Laboratori Didattici, permettendo ai ragazzi di approfondire in modo nuovo e divertente tutti gli argomenti da noi affrontati. Il lavoro di gruppo, il contatto diretto con gli organismi marini e la possibilità di diventare "ricercatori", facilita la voglia di conoscere e scoprire il mondo che ci circonda: un passo importante verso il rispetto di un pianeta che, nonostante tutto, ancora si prende cura di noi.
Nell'Aula Didattica si trova una vasca tattile di osservazione, aperta in superficie e alta 70 cm, con organismi marini mediterranei vivi. E' inoltre presente materiale biologico essiccato (spugne, coralli, conchiglie, Exuvie di Crostacei, Echinodermi, ecc..) che sarà possibile toccare e analizzare durante i laboratori. Il laboratorio è dotato anche di un microscopio stereoscopico, collegato ad un monitor, con cui sarà in alcuni casi possibile avere una visione tridimensionale di piccolissimi particolari su di essi o di organismi planctonici vivi.